In Burgemeester Undercover gaan verschillende burgemeesters undercover in hun eigen gemeente om een langlopend probleem op onorthodoxe wijze te onderzoeken. Vermomd en bewapend met verborgen camera's probeert de burgemeester, geheel onopvallend, dichtbij de kern van het probleem te komen. Presentator Dennis van der Geest staat de burgemeesters bij tijdens hun undercover operaties. Door de recente woningwet komen steeds meer mensen met een laag inkomen in dezelfde wijk terecht. Dit zorgt ervoor dat wijken achteruit gaan, ze verpauperen. Veel van de problemen in deze wijken bevinden zich achter de voordeur. Moeilijk te zien voor buitenstaanders en dus ook de gemeente. De burgemeester krijgt zo geen goed beeld van de problematiek en dus gaat hij als nieuwe bewoner undercover in de Staatsliedenbuurt van Apeldoorn.